Notatka z roku 1872 podaje, że w szkole uczyło się 141 dzieci, z tego: 130 katolików, 7 ewangelików i 4 żydowskiego wyznania. Uczniowie kończyli 3 klasy, a nauczanie, oprócz języka polskiego i religii, prowadzono w języku niemieckim. Z biegiem czasu szkoła się rozrasta zwiększając liczbę klas, nauczycieli i uczniów ( 250 w roku 1913 ).
Kronika zawiera wiele informacji dotyczących nie tylko szkoły, ale również wioski, parafii i sytuacji politycznej. Od 9 listopada 1918 roku prowadzona jest w języku polskim. Oprócz bogatych informacji o kształtowaniu się na tych ziemiach niepodległego państwa polskiego, potyczkach i walkach powstańców z Niemcami, organizacji życia szkolnego, zawiera nawet informację o pontyfikacie i śmierci papieża Benedykta XV i objęciu Stolicy Piotrowej przez Piusa XI.
W czasie II wojny światowej szkoła nie funkcjonowała. Nauczyciele opuścili teren wsi, a dzieci zmuszone przez okupanta uczęszczały do szkół Für polnische Kinder, kolejno do Smoszewa, Biadek i Sulmierzyc.
Kiedy wioska została uwolniona z rąk okupanta niemieckiego, do prac w szkole zgłosili się: kierownik Jan Rossa i nauczycielka Maria Glinkowska. Pracę rozpoczęli 14 lutego 1945r. Zorganizowali najpierw 4 klasy, następnie pozostałe 3 klasy.
Podczas reformy szkolnictwa w latach 1965/66 szkoła w Chwaliszewie staje się szkołą ośmioklasową. W związku z potrzebami lokalowymi zaistniała potrzeba rozbudowy budynku głównego oraz zamiany mieszkań nauczycielskich na klasy. Dobudowano wówczas kotłownię, pokój nauczycielski i bibliotekę do budynku głównego szkoły oraz wybudowano
i oddano do użytku dom nauczyciela.
Największą świetność uzyskała szkoła w roku 1997, kiedy to dzięki staraniom ówczesnego dyrektora Jana Szyszki, Społecznego Komitetu Rozbudowy Szkoły i przychylności władz Miasta Gminy Krotoszyn oraz pracy społecznej mieszkańców wsi, oddano do użytku nowoczesny kompleks budynków z salą gimnastyczną.
Dzięki temu w czasie kolejnej reformy szkolnej w 1997 roku zostało utworzone gimnazjum, do którego uczęszcza młodzież z Chwaliszewa i Biadek.
W istniejącym obecnie Zespole Szkół w Chwaliszewie uczy się 220 dzieci, w tym: 25 dzieci w oddziale przedszkolnym, 89 dzieci w szkole podstawowej i 106 dzieci w gimnazjum. Dyrektorem Zespołu Szkół jest pani mgr Beata Parzonka.
W marcu 2006 roku z inicjatywy pani dyrektor, dzieci i młodzieży oraz grona pedagogicznego rozpoczęto pracę nad nadaniem imienia Zespołowi Szkół. W wyniku plebiscytu zwyciężyła osoba ks. Jana Twardowskiego. Został opracowany projekt „Patron”, którego realizacja przybliża uczniom postać ks. Jana Twardowskiego, jako wzoru do naśladowania. Dlaczego chcemy, żeby patronem szkoły był ksiądz ? Nasza szkoła powstała jako katolicka i mimo różnych zawirowań politycznych pozostała wierna ideałom chrześcijańskim, a świadectwem naszej wiary były krzyże zawieszone w klasach 3 maja 1981 roku i nie zdjęte mimo różnych nacisków. Postać ks. Jana Twardowskiego jest nam szczególnie bliska dlatego, że długi czas mieszkał na wsi, służąc ludziom podobnym do nas. Uczył religii wiejskie dzieci. Sam będąc skromnym, pełnym pokory oddawał się bez reszty biednym, skrzywdzonym przez los.
W swoich utworach podziwiał przyrodę jako wielki dar Boga, dając nam przykład jej umiłowania. Naśladując księdza Jana Twardowskiego będziemy starali się żyć zgodnie z jego maksymą:
„wszystko jest wtedy, kiedy nic dla siebie”.