Najstarszym odnalezionym w naszym regonie grobem jest neolityczny pochówek z okresu nazywanego przez archeologów kulturą amfor kulistych (2700 – 2000 p.n.e.). Grób ten, odkryty pod Smoszewem, to najstarsze świadectwo kultury duchowej w naszych okolicach. W podkrotoszyńskich lasach zlokalizowano również około 120 prehistorycznych kurhanów, z których większość pochodzi z drugiego okresu epoki brązu (1450 – 1200 p.n.e.).

Pierwszy krotoszyński cmentarz znajdował się w okolicy kościółka św. Marii Magdaleny w Starym Krotoszynie. Nie znamy jego dokładnego położenia, nie wiemy również jak był duży. Fakt funkcjonowania w tym miejscu nekropolii (być może nawet od XIII stulecia) jest powiązany z prawdopodobnym istnieniem w tym miejscu swiatyni i parafii.

Prawdopodobnie od 1419 roku istniał cmentarz na obszarze dzisiejszego Małego Rynku w Krotoszynie i funkcjonował tu aż do lat 30-tych XVIII w., kiedy to pobudowano na jego miejscu gmach klasztoru dla zakonu trynitarzy (dzisiejsze muzeum). Część byłego cmentarza zagospodarowano wówczas na pochówki tutejszych zakonników. Od 1597 r. niewielki cmentarzyk znajdował się także w pobliżu kościoła pw. św. Jana Chrzciciela. 

Jeszcze przed likwidacją nekropolii w centrum miasta zaczął funkcjonować kolejny cmentarz – przy ufundowanym w 1572 r. kościółku św. Fabiana i św. Sebastiana (św. Rocha). Utworzono go po częściowym osuszeniu tamtejszych podmokłych gruntów. Nekropolia, pierwotnie znajdująca się poza miastem, służyła do grzebania ofiar nadr częstych w Krotoszynie eidemii, z czasem jednak stała się cmentarzem parafialnym krotoszyńskich katolików. Zlikwidowali ją niemieccy okupanci w latach 1940 – 1942.

Od 1638 roku własny cmentarz przy ul. Ostrowskiej posiadała mieszkająca w Krotoszynie społeczność żydowska. Ludność ta, napływająca do miasta prawdopodobnie od  końca XV w., w tym samym stuleciu wybudowała także synagogę oraz szkołę, a pod koniec XVIII stulecia stanowiła niemal połowę mieszkańców miasta (żyła tu największa gmina żydowska w całym województwie kaliskim). Od połowy XIX w. nastąpił ich znaczący odpływ i po roku 1918 w Krotoszynie pozostało jedynie kilka rodzin żydowskich.  Cmentarz przy dzisiejszej ul. Ostrowskiej, który został zniszczony przez Niemców w latach 1940 – 1941.

Od XVII w. w Krotoszynie osiedlali się Niemcy, którzy uciekali przed prześladowaniami religijnymi czasów wojny trzydziestoletniej. Jako w zdecydowanej większości ewangelicy, zapewne już w XVII, a na pewno na początku XVIII w. dysponowali własną, niewielką nekropolią, która znajdowała się we wsi Grzegorzew (obecnie okolice ul. Grzegorzewskiej i Gorzupskiej). Co ciekawe właśnie z tym cmentarzem związana jest znana legenda „O niegrzecznym dziecku”. To miejsce spoczynku funkcjonowało aż do początku XX wieku.

Bardziej znaną nekropolią ewangelicką jest cmentarz przy ul. Rawickiej (tzw. cmentarz niemiecki), otwarty staraniem krotoszyńskiego pastora Georga Christiana Bockrodta w 1815 r. i funkcjonujący aż do roku 1945. W roku 1912 wybudowano na tym cmentarzu kaplicę, którą rozebrano w latach 60-tych.

Ponadto w okolicy Krotoszyna, nieopodal Chwaliszewa, znajduje się zbiorowa mogiła ostatniej w mieście epidemii cholery z 1868 r. Przy ul. Sulmierzyckiej - mieści się też nieco starsza mogiła choleryczna, a w niedalekim Konarzewie do 1945 r. funkcjonował cmentarz ewangelicki.

Jeśli chodzi o współcześnie funkcjonujące nekropolie, to cmentarz parafialny przy ul. Raszkowskiej powstał na początku XX sulecia (na pewno działał już w 1906 r.) i znajduje się obecnie pod opieką parafii św. Jana Chrzciciela w Krotoszynie. Gotowa jest już jednak kolejna nekropolia, tym razem cmentarz komunalny w Durzynie.

Przy okazji zamieszczamy w załączniku subiektywną listę wybranych, wybitnych mieszkańców naszego miasta, spoczywających na krotoszyńskim cmentarzu parafialnym. Dla ułatwienia zlokalizowaliśmy ich groby, których odszukanie nie sprawia już żadnej trudności dzięki stworzonej przez parafię aplikacji:

http://krotoszyn.artlookgallery.com/grobonet/start.php

Na podanej stronie w oddzielnej zakładce zlokalizowano również mogiły niektórych powstańców wielkopolskich.